Análise de microbioma com o omaxbiome
Microbioma é o conjunto de microrganismos de um determinado ecossistema. No corpo humano este conjunto varia de acordo com cada local do nosso corpo, seja na boca, intestino e vagina, por exemplo. O desequilíbrio deste conjunto de microrganismos é chamado disbiose e estudos recentes demonstram que este fato pode levar a diversos tipos de doenças.
A análise deste conjunto de microrganismos é realizada através de testes genéticos capazes de detectar a disbiose e direcionar o médico a fazer o tratamento adequado.
Sequenciamento de shotgun
No sequenciamento de shotgun, o DNA inteiro é extraído de uma amostra e então exposta à fragmentação aleatória antes do NGS. Ao adotar uma abordagem não direcionada para sequenciar todo o DNA e evitar a amplificação de PCR dependente de primer, como nos serviços de sequenciamento de amplicon, obtém-se uma quantidade exponencial de dados e vantagens ao lado dela.
Quais são as vantagens?
• Taxas de falsos positivos mais baixas em relação ao sequenciamento de amplicon.
• Análise de alta resolução (espécie, subespécie e nível de tensão).
• Análise Multi-Reino – Bactérias, Vírus, Bacteriófagos, Fungos e Protistas.
• Caracterização – Resistência Antimicrobiana, Plasmídeos, Fatores de Virulência e Genes Funcionais.
Inspirada pelos desafios na detecção de ameaças biológicas e epidemiologia, a microbiologista de renome mundial, Professora Rita Colwell, iniciou o CosmosID® em 2008. Seu objetivo era desenvolver métodos computacionais que poderiam alavancar as tecnologias de Sequenciamento de Próxima Geração (NGS). Esses métodos ajudariam alcançar a detecção em nível de cepa de microrganismos em qualquer amostra complexa e melhor nossa compreensão da saúde e doença humana.
Na NirvanaBiome, é utilizado o sequenciamento shotgun de todo o genoma (também chamado de WGS) para resultados consistentes e de alta qualidade e identificação do genoma. O sequenciamento de DNA shotgun de todo o genoma, é possível caracterizar os microrganismos encontrados em seu organismo e entender algumas das funções que eles podem estar realizando. Você encontrará estimativas da quantidade de microrganismos que foram identificados em sua amostra e podendo compará-los com um grupo de mais de 800 pessoas saudáveis.
Um dos aspectos mais exclusivos do omaxbiome (em parceria com o CosmosID) é a capacidade de avaliar a influência do microbioma no risco de doenças.
Utilizando o banco de dados mais robusto de amostras saudáveis, o omaxbiome pode ajudá-lo a identificar desvios precoces de uma população saudável.
Comparando sequenciamento 16S e WGS do omaxbiome
Sequenciamento do amplicon 16S rRNA, apenas uma porção de um gene é analisada. Este gene é altamente conservado (é essencial para a maioria dos microrganismos viverem) e, portanto, as mudanças de base única que ocorrem nele ao longo do tempo ajudam a identificar de qual organismo o gene veio.
Como você sequencia apenas um gene para análise 16S, você fica muito limitado na quantidade de informações que pode obter. Os genomas bacterianos têm milhões de bases e, no NirvanaBiome, queremos usar todas essas informações, em vez de nos limitarmos a 600 bases de DNA. Portanto, usamos o sequenciamento shotgun do genoma inteiro. Embora seja mais caro e mais desafiador computacionalmente do que o 16S, acreditamos que a compensação vale a pena porque podemos coletar muito mais informações sobre os microorganimos.
Identificamos os microrganimos ao nível da espécie e estirpe, e examinamos vírus, protistas e fungos, além de bactérias (onde o 16S é limitado apenas a bactérias). Podemos encontrar genes de resistência a antibióticos e também podemos fazer análises funcionais, onde olhamos para os genes reais e vias encontradas nos microorganismos que estão em sua amostra, algo que não é possível quando você sequencia apenas um gene 16S.
Microbioma Intestinal
Omaxbiome oferece uma imagem mais clara do estado do microbioma intestinal. Usando este sistema de relatórios exclusivo, os profissionais podem: entender as funções do microbioma intestinal, identificar taxas de disbiose, quais metabólitos são super produzidos ou sub produzidos e muito mais.
Microbioma Vaginal
A nova análise funcional do microbioma vaginal do omaxbiome identifica a abundância de numerosos microrganismos. O teste oferece aos profissionais de saúde um roteiro para a tomada de decisões com um relatório abrangente que inclui recomendações de nutrição, estilo de vida e suplementos.